Интересный вопрос конечно, но мои предположения что много воды или же плохое качество шпаклевки и на краске оно вот так начинает пузырится. А еще может быть из-за того, что взаимодействие дает о себе знать если наносить на свежую краску, или у вас краска уже подсохла?   

Немного подождите если это маслянная, что бы высохла, если на растворителе, она сохнет быстрее, тоже немного подождите, потом прохладной водой тряпкой просто помойте полы. Чтобы не остались расводы можно сразу вытирать насухо, но лучше подождать это можно сделать потом.