Судя по вашему описанию, мы имеем дело с грибком на потолке. Это очень плохо, но исправимо. Для начала возьмите зубило и молоток. Места с пятнами необходимо выдолбить по возможности до 1 см. в глубину перекрытия. Берёте 200 гр. Цемента, смешиваете его с водой и клеем пва. После этого малярной кистью наносите тонкий слой этой жидкой смеси на выдолбленные участки. Даёте сутки просохнуть. Снова делаете аналогичную смесь, но уже густую и больше. Ею закидываете ремонтируемые места. Потом всё выравниваете затирочной доской.