Возможно, появились бактерии. Также запах в колодце может зависеть от времени года и меняться по этой причине (различные стоки). Вам потребуется чистка колодца, дабы избежать последствий. Чистку лучше производить, когда нет осадков, то есть - летом (надежнее всего). Займет это не очень много времени, примерно часов пять, но зато вы будете чувствовать себя уверенно. Желаю удачи!

Потому что она застаивается, видимо у вас такой колодец, попробуйте его почистить нормально и потом все сразу станет на свои места, может углубится придется немного.