Как мы уже неоднократно повторяем, любые жилые постройки тем паче двухэтажные, необходимо начинать с получения разрешения. Его оформление начинают с обращения в местную администрацию. Поскольку, коттедж Вы планируете двухэтажный, настоятельно рекомендуем обратиться в проектную организацию. Расчет на прочность несущих стен первого этажа и перекрытий дело очень ответственное и небрежное отношение к нему, Вам может очень дорого обойтись.

Строить начинать нужно с фундамента, но перед этим проект. Если вы не сталкивались с этим, то лучше нанять специалистов. 

Естественно документы нужно собрать необходимые, потом только начинать строить с фундамента и т.д.