Вентиляционные шахты обычно проектируются сразу и не учесть их просто не возможно, и нельзя. Это один из пунктов техники безопасности любого рабочего места, или жилого заведения. Правда бывают случаи, когда происходит реконструкция здания, сносятся перегородки, делаются новые планировки, и тут действительно может не хватать вентиляционных каналов. В таких случаях производят монтаж металлических воздуховодов, которые впоследствии можно зашить гипсокартоном.